再生障碍性贫血患者因为自身血象问题，容易发生发热感染，一旦出现这种情况需要立即住院治疗，按照中性粒细胞减少发热的治疗原则来处理患者。
关于发热的再障患者应行肺部和鼻窦的检查，包括X线片和CT扫描。肺部和鼻窦感染者常存在真菌感染。
一般抗生素推荐联合应用广谱抗生素，如β-内酰胺类抗生素+氨基糖苷类，有培养结果后，依药敏情况再选择针对性抗生素，药物的选择还应参考既往患者的感染史和抗生素应用情况。
持续发热者则早期应用全身性抗真菌治疗，再障患者中性粒细胞减少时间长，一旦出现曲霉菌感染则很难治愈。
如若再障病人诊断为真菌感染者应全身性使用一线抗真菌药物，怀疑真菌感染、或既往有真菌感染史亦应全身性使用一线抗真菌药物。
及时的免疫抑制剂治疗以及介入中医调治可以改善患者的白细胞数量，是有效降低再障患者感染的手段。
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